Szennyezett genomadatok tisztítására alkalmas szo

A nagy áteresztõképességû szekvenálásban a közelmúltban elért technológiai fejlõdés és a szekvenálási költségek zuhanása a genomszekvencia-adatbázisok soha nem látott mértékû növekedéséhez vezet. A közelmúltban számos nagyszabású szekvenálási kezdeményezés indult azzal a céllal, hogy a rovarok, gerincesek, gombák, növények vagy végsõ soron a Föld teljes eukarióta (valódi sejtmaggal rendelkezõ) biodiverzitásának genomját feltérképezzék. Különbözõ biológiai vagy technikai problémák miatt azonban a genomok olyan szekvenciákat is tartalmazhatnak, amelyek nem a célszervezethez tartoznak. A tartósított múzeumi vagy a metagenomikai - a természetes környezetbõl vett - mintákra támaszkodó projektek különösen érzékenyek a szennyezõdésre. Ha nem fordítanak rá kellõ figyelmet, a szennyezett referenciagenomok pontatlanul megjelölt szekvenciaadatokkal "mérgezik meg" a nyilvános adatbázisokat.

A nemzetközi együttmûködéssel létrejött, Nagy László, az SZBK Biokémiai Intézet Szintetikus és Rendszerbiológiai Egységének csoportvezetõje irányításával született publikáció az adatbázisokba tévesen feltöltött, idegen szekvenciákkal szennyezett genomadatok lehetséges következményeivel és a szennyezések kitisztításával foglalkozik.

A szegedi kutatók egy olyan új számítógépes szoftvert készítettek, amely a korábbi megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyezõdéseket, még akkor is, ha az egy közeli rokon fajtól származik, miközben az élõlények közötti tényleges genetikai információátadás, a horizontálisan géntranszfer révén szerzett géneket érintetlenül hagyja.

A kutatók a 844 megvizsgált eukarióta genom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékû szennyezõdést, melyek döntõ többsége baktériumokból származott. A szennyezõdés néhány esetben akkora mértéket öltött, hogy a közzétett genomadatokból egy második élõlény közel teljes genomja rekonstruálható volt.

A publikáció részletes példákon keresztül illusztrálja, milyen torzító hatással vannak a szennyezõ szekvenciák azokra a kísérletekre, amelyek az egyedi géncsaládok, valamint az élõlények evolúciós történetét kívánják feltárni.

Az együttmûködésben résztvevõ kutatók remélik, hogy eredményeikkel sikerül felhívniuk a tudományos közösség figyelmét a genomi szennyezõdések eltávolításának fontosságára, valamint hogy a kifejlesztett szekvenciatisztító-szoftver az általánosan elfogadott genomi elemzési munkafolyamatok részévé válhat.